技术要求高，普遍推广较困难

     因作物不同品种和不同生长阶段对养分的需求不同，导致营养液的配置与管理需要有接受过技术培训的专业人员完成，不能广泛地被一般的劳动者所掌握．营养液配置时所用的专用化肥，市场上不易买到，并且价格高昂。

废弃液存在污染环境的风险

      无土栽培离不了营养液，与营养液配制相配套需一系列设备，如，测试系统、循环泵等，并且如果是开放式栽培技术，存在废弃营养液硝酸盐含量高，排放后易引起水体富营养化的危险；

缺乏专用品种的选育

      由于无土栽培系统的特殊性，迫切需要选育满足植物根系抗病害、耐低温、弱光、优质、高产的实用型专用品种，不仅可以提高作物的产出率，还可以创新产品市场，丰富产品类别，如广西壮族自治区枣树矮化进行无土栽培。

政府的扶持力度不够

      目前国内出台了很多惠民政策，其中就包括农机具补贴，但大多数省份就只有设施大棚有补贴，而实现无土栽培自动化及智能化所需要的智能温室并不在扶持范围内。