玉米秸秆预处理成无土栽培基质，主要以粉碎的玉米秸秆为发酵原料，以南京农业大学培养的高温放线菌、中温放线菌为菌源，经过高温发酵杀菌、中温发酵和自然后熟发酵3个阶段完成发酵全过程。

1、粉碎玉米秸秆：粉碎玉米秸秆，将风干的玉米秸秆均匀平铺在场地上（厚20~25 cm），粉碎后的秸秆粒径为3~10 cm。

2、调节碳氮比：每一千千克干秸秆分层、均匀添加尿素1.4 kg，使用翻堆机将物料上下充分翻匀，调节碳氮比，使其达20~25∶1。

3、添加菌剂：每一千千克干秸秆分层、均匀添加微生物腐熟菌剂一千克，使用翻堆机上下充分翻匀，加快发酵进程，提高发酵质量。

4、调节湿度：用微喷灌系统或自来水设备定量给物料补水，使其含水量达 60%~65%（手握成团，指缝有水渗出而不滴），充分混合均匀。

5、建堆：人工或使用装载机将物料堆置成高1.2 m、底宽3 m、顶宽2 m、长度不限的台形堆（即切面为梯形），各个堆面整理平整。

6、覆膜：为了使料堆快速升温并防止水分散失，料堆表面需覆盖1层普通棚膜，将薄膜四周固定好，防止风刮起薄膜，料堆底部薄膜不可压实，防止聚集多余水分。

7、翻堆：为保证料堆中好氧微生物所需的氧气，建堆后4~5 d、料堆温度达60 ℃时，用翻堆机或装载机翻堆1次，以后每7 d翻1次。翻堆时，将堆体表面与中心部分混翻均匀，保证堆体内外层均达到腐熟标准。

8、发酵结束：当距离料堆顶端30 cm 处温度接近环境温度，物料颜色变褐、有轻微草香味时表明发酵完成。整个发酵过程需32~34 d。

9、粉碎后的玉米秸秆不可太长；菌渣要及时补充水分，以免温度过高变成细灰；牛粪、鸡粪等原料不可太湿，否则发酵升温较慢，延长发酵时间；发酵时注意观测堆体内温度，温度低于50 ℃时不可翻堆。