基质使用二至三茬后，有机基质已完全腐烂，作物残根也比较多，病菌和盐分已有积累，此时如需继续使用，就要进行过筛，滤去残根枯叶，再进行大水浸泡漂洗盐分，晾晒至含水量60%左右时进行药物熏蒸消毒。

1、消毒后还应添加新的透气性好的基质，混合均匀后才能继续使用。一般基质使用三茬以上理化性状已明显恶化，可以堆放在指定场所任凭日晒雨淋，三至五年后添加新的基质材料，可以继续使用或直接施入果园作改良土壤之用。

2、基质通过栽培一茬或二茬作物后，一般需要进行消毒方可继续使用，以往人们采用蒸气消毒、甲醛消毒、溴甲烷熏蒸消毒等。采用甲醛加高锰酸钾熏蒸的消毒效果非常好，操作方便，很快就可投入生产使用，而且成本低，每1000L基质的消毒成本仅2～3元/次。

3、操作方法：把基质铺在平整的水泥地面上，厚度30～40cm，长度不限，宽度不要超过4m。

4、在基质上纵横交错划沟，沟深15～20cm，用厚度0.12mm以上的薄膜覆盖，按每1000L基质用甲醛80～100ml，高锰酸钾40～50g。先把40～50g/份的高锰酸钾加入到400～500ml的广口玻璃瓶内，每隔100～120cm布放一瓶，固定在基质沟内，再将甲醛按80～100ml/份量好，也分别装瓶摆在相应位置的高锰酸钾瓶子旁。

5、把基质铺成20cm厚，湿度调至65～75%，在夏季强光高温天气，覆盖薄膜增温至65～70℃保持一周，或在冬季最冷时露天冻结两个月以上也有一定的自然消毒作用。