无土栽培对病虫防治，除选用抗病品种及种子消毒外，可培育壮苗，降低湿度，通风换气，采用生物药剂和化学药剂相结合的综合防治技术措施，多种药剂交替使用，效果显著，药效较高。

1、无土栽培对于根部以上的病虫害，一般是采用防虫网和阳光板隔离、物理灭杀（黄板、蓝板沾虫，灯光诱捕）、电功能水灭杀和生物诱杀等方法。

2、对于根部以下的病虫害一般是采用更换营养液和紫外灯光灭杀的方式，设备、部件可用0.2%的高锰酸钾溶液浸泡消毒。

3、无土栽培的基质培，每种完两茬、三茬后的处理方法：隔离，也就是建温室，加防虫网，把病害虫害完完全全地隔离开来；物理除虫，对于钻进温室的虫子，利用虫子趋黄光、蓝光的特性，在温室内多处悬挂黄板、蓝板，用不干胶粘虫子；用生物诱导，利用昆虫喜欢的气味吸引害虫自投罗网，或被高压电死或被淹死；采用电功能水（一种较强酸性却绝对无毒的水）杀虫灭菌；采用虫子不吃的转基因品种。以上这些方法都不存在任何毒性残留，除了第五种方式以外，前面四种是有机农业、绿色农业防治病虫害的标准配置方式。

4、水培和气雾培，在实际操作中流动的营养液都是要经过灭菌杀毒装置的。

5、自家阳台水培，静止水培用完一茬剩下的残液含营养成分很淡了，就全部用来浇花浇菜了。管道无土水培在换茬以后可以在营养液储存槽内放置一盏紫外光杀菌灯达到消毒灭菌的作用，两茬、三茬后，一般将管道和槽内的营养液全部换出来，用来浇花浇菜即可。管道用高锰酸钾溶液浸泡消毒。