采用无土栽培发生的主要传染病害有白粉病、腐霉菌、疫霉菌根腐病、白粉病、霜霉病、蔓枯病、蔓割病、菌核病、病毒病等。非传染病害主要是无土栽培管理跟不上，可能发生缺素症。防治无土栽培时发生的病害，应贯彻排除病害、避开病害及利用病害三原则。

1、种子消毒：种子可利用干热灭菌，如70-72℃处理3天或用53-55℃温汤浸种20-30分钟或用次氯酸10-100 倍液浸种60分钟，皆可清除种子上的病原菌。

2、营养液槽和工具消毒：用75%酒精或高锰酸钾50-100倍液消毒营养液槽及工具，防止病原菌存活留下隐患。

3、棚室和设备的消毒：种植前，温室、大棚内外要清除所有的植物残体，地面铺上洁净的塑料薄膜隔离土壤。空间消毒可在大棚内均匀放置3-4 只大口瓶，倒入高锰酸钾和甲醛，每立方米空间用高锰酸钾4克、甲醛4克，大棚密闭24小时后通风，待药剂挥发干净后再种植。栽培设施和器具的消毒，可用中性次氯酸钙1000倍液浸泡或流动冲洗1-2 天。消毒用过的残液可排到温室地面或周围土壤作为环境消毒。设施器具消毒后，要用清洁的水冲洗掉残液，以防药害。

4、营养液的消毒：营养液可采用物理、化学或杀菌剂处理等方法进行消毒杀菌。物理方法主要有过滤、紫外线灭菌、超声波处理、巴氏德灭菌等；化学方法主要有臭氧处理、表面活性剂及农药等。

5、操作人员的清洁卫生：操作人员进出大棚或温室时，要先在门口的消毒槽中浸有消毒液的泡沫垫上踩一踩。选用84消毒液或0.3%漂白粉，消毒液至少每周添加一次，同时还要告诫有关人员不能在水池中用营养液洗手等。