无土栽培中病害与露地或普通设施栽培所发生的病害稍有不同。无土栽培病害发生的特点：

一是由种子或种苗传播病害。

经种子传播的病害有真菌病害、细菌性病害、病毒病害三类。在真菌病害中有许多蔬菜种子在成熟过程中被真菌侵入而染病，成为由种子传播的病害；还有一些是在种子采收过程中，由于种子或种皮受到污染，就会把病菌传入营养液里通过营养液的循环造成二次污染。

二是由空气或设施内地表污染传播病害。

许多真菌或细菌病害常借气流及土表的污染进入营养液而传病，如甜瓜、黄瓜的白粉病、番茄白粉病都是孢子随气流漂入栽培床的。甜瓜蔓枯病、疫病病菌借设施的污染或尘土飘浮至植株表面而致病。

三是借水污染传播病害。

无土栽培中营养液的水源为地下水，病菌容易在水源输送过程中进入营养液，如番茄青枯病及白菜类、甘蓝类蔬菜软腐病。

四是工具传播病害。

如茄果类、瓜类的病毒病、细菌性病害，常通过整枝、打杈、绑蔓、采收过程中工具或手传播。

五是使用污染的营养液或营养池也能传病。