水培或岩棉培番茄宜用岩棉块或聚氨酯泡沫育苗，其他基质培方式多采用育苗钵或穴盘育苗，育苗基质与裁培基质可完全相同也可不同。播种后在27~30℃下经5 d出苗。出苗后宜保持床温20~25℃，室温白天25~28℃、夜间15~16℃为最好。

1.移苗在第一真叶期最适，移苗之后的育苗钵或育苗块密集排列于育苗床上，随着苗的长大，逐渐扩大株距。营养液配方可用山崎番茄配方或园试配方浓度的1/2稀释液，一般在播种后第7天开始浇灌。

2.凡在夏、秋季节延迟裁培的秋番茄或越冬长季节栽培的番茄，宜以幼龄苗定植为好，可维持其必要的生长势增加产量:而在适温期定植的春番茄，则以大苗定植为宜。

3.定植时要注意有苗床的营养液与种植槽中营养液的温差不能超过5℃，否则易引起根系伤害。