除无土栽培专用肥外，目前各地也使用单一肥料及与水质相适应的混配化肥，但肥料用量的计算、配制、调节等较为复杂，容易出现一些问题。

(1)肥料计量器具未校正或校正有误，造成配制的母液浓度、组成与原设计不同；肥料溶解先后顺序错误，未能全溶；忽略了肥料元素表示法和氧化物表示法的不同，造成营养液配制错误。

(2)采用普通肥料，纯度过低，原液配制时发生沉淀；从补水口附近取样，造成分析结果偏低。由于从取样到结果分析需要时间，难以及时调整肥料组成和浓度。

(3)漏加微量元素，引起全部植株发生微量元素缺乏症，产生茎叶黄化现象及其他生理性疾病。

(4)循环式营养液栽培中常用电导率(EC)变化来调控总离子浓度，但常因钙、镁等(特别是钠)积累过多导致生育不良，即EC值变化不能反映营养液中单一元素浓度及各组分比例等变化，造成营养过剩或缺乏。有时发现循环营养液中磷浓度过低，则提高磷浓度，造成磷被过量吸收，发生叶片黄化现象。

(5)为提高营养液pH值，增施铵态氮，但因作物优先吸收铵态氮，营养液中剩余较多的硝态氮，结果导致pH值更加降低。