西瓜苗期病害较多，苗期的猝倒病，立枯病严重，有些大棚的死苗率在40%左右。造成这些的原因是在苗床的选择，基质选择，苗子的培育方面都存在问题。

1、苗床大都随意选择离基地近的大棚，采用三膜覆盖育苗，温度湿度无法控制，育苗土也是稻田里的土直接使用，土壤酸，病菌多，有机质含量低，通透性差，不利于根的生长。

2、有些地方还没有对种子进行消毒处理的意识，导致种子带菌引发的病害多。出苗后的管理跟不上，没有温度湿度控制设备，甚至没有温度湿度计，无法知道并调节苗床的温湿度，一切操作全凭感觉，后期移栽前不知道炼苗，或者炼苗不科学。

3、有的基地采用了专用的基质，但将苗放在地膜上，为了灌水方便，将营养钵去掉，这样一来，水分蒸发快，要经常灌水，灌水后猝倒病病，立枯病非常严重，损失巨大。

4、解决办法是工厂化育苗，规范化育苗。西瓜巨大的种植面积，决定了育苗工厂存在的合理性。很多地方的西瓜种植基地非常大，苗子的需求量也很大，同时种子的价格很高，成苗率低，因此工厂化育苗的建立势在必行。